- эвенкийская коллекция;
- бурятская коллекция;
- русская коллекция.

Фотодокументы музея досоветского периода запечатлели природу, население и виды Забайкалья (городов, поселков, сел). Среди фотографий - портреты и групповые фотографии каторжан (конец XIX - начало XX вв.), снимки Кары, Акатуя, Горного Зерентуя. Имеются альбомы с фотографиями, на которых изображены строительство Забайкальской железной дороги от Иркутска до Сретенска (XIX в.), места, связанные с пребыванием декабристов в Забайкалье (XIX в.). Хранятся снимки наводнения 27-29 июля 1897 г., сделанные политическим ссыльным - нечаевцем, основателем Нерчинского и Читинского музеев, археологом А. К. Кузнецовым.
Фотодокументы советского периода характеризуют общественно-политическую жизнь, социально-экономическое развитие области. Комплекс фотографий освещает события в Дальневосточной республике (1920-1922), Великой Отечественной войны, строительство Читинского участка БАМа (1972-1983).

- живопись;
- графика;
- плакаты;
- скульптура;
- керамика
- иконы;

Начало формированию археологической коллекции музея положил его создатель и первый директор Алексей Кириллович Кузнецов (1845-1928), имевший определенный интерес к археологии Забайкалья.

В музее хранится коллекция рукописных книг XVIII - XIX вв. Наиболее ранняя - "Повесть о зачатии и рождении Петра I" (первая половина XVIII в.). Коллекция располагает рукописными книгами богословского содержания, в том числе - "Камень веры православной" (скоропись, XVIII в.), "Сборник проповедей" (1835-1840). Имеется "Цветник. Сборник старообрядческий" (1854), в составе которого "Соловецкая челобитная", "Повесть о падении Вавилона", "Послания протопопа Аввакума", "Апокалипсис", "Выписка из творения Отцов Церкви".

Документы музея освещают социально-экономическое, политическое и культурное развитие г.Читы и края. За досоветский период имеются документы, рассказывающие о пребывании в Забайкалье декабристов. Среди них - рукопись К. Ф. Рылеева (автограф) "Войнаровский в изгнании"; записка С. Г. Волконского на имя Д. И. Завалишина о расходовании денег и перечислении в артельную кассу 500 рублей за 1830-1837 гг., планы земель, отведенных под дом декабристам И. И. Горбачевскому (1863) (Петровский Завод) и К. П. Торсону в Селенгинске (1838).

В собрание входят монеты, бумажные денежные знаки, ордена, медали, печати, значки - более 15 000 экспонатов.
Структурно оно делится на следующие коллекции:
- русских монет ХVI-ХХ вв.;
- иностранных монет;
- русских памятных и художественных медалей;
- иностранных медалей;
- русских жетонов и значков, нагрудных знаков;
- советских орденов и наградных медалей;
- иностранных орденов и наградных медалей;
- печатей;
- бумажных денежные знаков.

- палеонтологическая коллекция;
- минералогическая коллекция;
- зоологическая коллекция;
- ботаническая коллекция